（一）加强对造价咨询机构投资审计业务的指导和工作协调。审计组应向造价咨询机构提出投资审计工作的具体要求，使造价咨询机构审计能顺利与投资审计业务相衔接，并符合审计机关的业务质量求，如：审计报告的撰写、审计工作底稿的编制等内容。审计过程中，审计机关可向造价咨询机构派驻一名联络员，负责交接资料、督察进度、工作协调、监督造价咨询机构及人员等具体事宜，特别是在资料交接时必须填写清单并由双方签字盖章。
（二）应要求造价咨询机构编写审计实施方案。在审前调查的基础上，造价咨询机构必须按审计组的要求编制详细的审计实施方案，并提交审计组审核，对达不到审计要求的，应重新修改、补充、完善审计实施方案。审计实施方案也可由委托牵头科室编制，工程造价咨询机构直接按委托审计实施方案要求进行审计。
（三）造价咨询机构在向审计组提交审计工作底稿和审计报告后，审计组应进行认真复核。对有审计漏项或审计事项事实不清楚的，应要求造价咨询机构补审或重新核实；对问题定性不准确的，要重新修改审计工作底稿和审计报告。同时，审计组和造价咨询机构要做好审计资料的整理归档工作。
（四）对工程结算审计结果进行质量抽查。在造价咨询机构完成工程结算审计后，审计机关可按委托项目的一定比例进行质量抽查。在具体组织上，可由审计机关直接抽查，也可指定另外社会中介机构抽查，不论采用何种组织形式，其抽查定案权必须在审计机关，以维护审计监督的权威性。在抽查内容上，要重点对工程量、材料用量及价差调整、定额套用、取费标准等进行抽查。对造价咨询机构审定值与抽查审定值相比超出国家规定幅度的，审计机关有权单方面解除合同，或拒付委托项目审计费，并不再委托今后的投资审计项目。
（五）对委托跟踪审计项目实行跟踪审计日记制度。在政府投资重点建设项目委托跟踪审计中，针对重点建设项目投入资金大、建设周期长、控制点多等特点，为保证跟踪审计质量，应实行跟踪审计日记制度，跟踪审计日记内容包括跟踪审计项目、跟踪审计日期、跟踪审计内容及方法、跟踪审计发现问题、对问题的建议等内容，造价咨询人员应按照跟踪审计日记项目，按照时间顺序完整地记录每天跟踪审计的全过程，由审计组随时进行抽查，项目结束后一并归入审计档案，跟踪审计日记也将成为审计机关考核工程造价咨询机构及咨询人员工作业绩的重要途径。
（六）建立考核制度。对经招标选用的造价咨询机构和人员建立考核制度，从工作纪律、审计业务、工作成果、廉政建设等方面逐项检查考核，逐条量化打分，将考核结果与单位信誉挂钩，并在以后的委托审计中考虑其信誉因素，以此来提高审计质量、控制审计风险。